营业税有若干零税率条款，主要针对外销货物及保税区交易等；此外，位在保税区外的一般营业人，若是向保税区内营业人销售货物与劳务，做为保税区营业人营运所用，也可享营业税零税率优惠。
台北国税局表示，依据《加值型及非加值型营业税法》第7条第4款规定，营业人向保税区内营业人销售货物或劳务，只是为提供外销货物、贸易、仓储、物流、货柜与货物集散、转口、转运、承揽运送、报关服务、组装、重整、包装、修理、装配、加工、制造、检验、测试、展览、技术服务等经核准的经营业务所须，皆可以享有营业税零税率优惠。
官员表示，然而上述零税率货物与劳务，除了报经海关视同出口的货物，得以免检附证明文件之外，其余都应由卖方营业人开立统一发票扣抵联，交由购买货物与劳务的保税区营业人进行加注“本发票所列货物或劳务确系本事业（工厂、仓库）购买符合加值型及非加值型营业税法第7条第4款及同法施行细则第7条之1第2项规定供营运之货物或劳务无讹”字样并签署，再加盖买受人统一发票专用章，才能作为申报适用零税率之证明文件。
官员表示，若为开立电子发票，则卖方营业人需要委由保税区营业人登入财政部电子发票整合服务平台，打印及签署“购买符合加值型及非加值型营业税法第7条第4款规定之电子发票明细表”，才能作为卖方营业人申报营业税零税率退税的证明文件。