仅申报手头拿到的所得资料，未申报无法查调的非扣缴所得（财产交易所得、租赁所得等）；或是未合并申报受扶养亲属的所得；还有一种情况是父母无所得，但未成年子女有所得，且已超过当年度规定的免税额及标准扣除额合计数，如此还是要以父或母为纳税义务人与未成年子女合并办理综合所得税结算申报。
另一种情况是独资资本主或合伙组织合伙人，未将该事业当年度分配的营利事业所得额，列为个人营利所得，申报综合所得税。
台湾地区人民、法人、团体或其他机构有大陆地区来源所得，应合并台湾地区来源所得课征所得税。但其在大陆地区已缴纳的税额，可从应纳税额中扣抵，可扣抵税额以加计大陆地区来源所得后所增加的税额为上限。