外界质疑，财政部只说税改大幅提高四项扣除额，致综所税税基只剩24％，却未说股利分离课税也让税基消失了；财政部次长吴自心指出，股利按28％分离课税是为提高投资意愿，建立具竞争力的合理所得税制。
吴自心表示，提高投资意愿后，可以创造就业机会，提高国人所得，让民众“加薪”。
财政部以今年税改后大幅调高四项扣除额标准、薪资所得、身心障碍及幼儿学前特别扣除额，致综所税税基大幅滑落为24％为由，暂缓所得税扣除额税改。台北商业大学财税系副教授黄士洲质疑，税改将股利所得分离课税，是否也从税基中消除？
吴自心表示，股利所得课税新制是希望提高投资意愿，创造就业机会，且所得税制必须具竞争力、合理性，而非课重税，否则投资就会跑到新加坡、香港去了。
财政部估算，股利分离课税税损是263亿元，调高四项扣除额的税损是388亿元。财政部官员也说，税改包括调降最高税率为40％、改采股利所得课税新制及调高四项扣除额，减税利益达495亿元，主要是以调高营利事业所得税税率及外资股利扣缴率预估可增加税收297亿元弥补，不足198亿元，需由国库挹注。
因所减少的税收占所得税全年税收1.99%，没有减税过度疑虑，且税改是为建立具竞争力的投资税制环境，增加民众可支配所得，协助企业转型升级、增加投资及留揽优秀人才，有助促进经济成长，长期将对税收产生正面效益。