财政部北区国税局表示，最近股市交易热络，不少投资人因此获利，虽然所得税法第4条之1规定证券交易所得免征所得税，但营利事业在办理年度结算申报时，出售股票交易如有获利，除了依所得税法规定计算课税所得额外，还必须依所得基本税额条例的规定，将证券交易所得计入基本所得额。
财政部南区国税局表示，所得税制优化方案自107年1月1日施行，综合所得税个人居住者107年获配之股利所得计税方式，于明（108）年5月份申报综合所得税时，可就股利所得合并或分开计税2种方式择一有利方式申报。
本局表示，营利事业有大陆地区来源所得者，依台湾地区与大陆地区人民关系条例第24条第1项规定，应并同台湾地区来源所得课征所得税。但其在大陆地区已缴纳之税额，得自应纳税额中扣抵。因此，所得来源之认定标准就很重要，如经判断非属大陆地区来源所得，而系台湾地区来源所得，纵已缴纳大陆所得税，仍不能自营利事业应纳税额中扣抵。