适用本办法奖励之民间机构，应自各该交通建设开始营运后，申报有课税所得者，自申报日起六个月内，其申报无课税所得而经税捐稽征机关核定有课税所得者，自核定日起六个月内，检具下列文件向财政部申请核定免纳营利事业所得税：
目的事业主管机关核发之营业许可证或执照影本。
主管机关审核交通建设符合第三条第一项所定免税奖励范围之证明书。
申报有课税所得者，为营利事业所得税结算申报书收据联影本；其申报无课税所得而经税捐稽征机关核定有课税所得者，为营利事业所得税之核定通知书影本。
目的事业主管机关查核证明之机器、设备清单；清单上应载明机器设备名称、性能、用途、厂别、出厂、购入或进口日期、数量、金额。