本馆创办人林清富先生本着关怀台湾本土文化之情，以顺益企业创始人林迺翁先生之名，于1985年成立“财团法人林迺翁文教基金会”，筹建“顺益台湾原住民博物馆”，将其20年来所收藏之原住民族文物赠与博物馆，具体实现了“取诸社会，还诸社会”的心意。

顺益台湾原住民博物馆于1994年6月9日开幕，为国内第一座以原住民为主题的私人博物馆。除了积极从事台湾原住民族文物搜藏保存之外，博物馆借由多样化的教育活动促进台湾原住民族文化的推广，馆内的常设展及特展也忠实地呈现了台湾原住民族的丰富的物质文化。此外，为尊重原住民族对自身文化的诠释权，馆内每年举办一次“与部落结合”特展，采取与单一族群部落合作的方式，共同规划特展内容，彰显独特族群的主体性，提供原住民族文化展演的场域，使博物馆成为多元文化的发声管道及论坛。