民众有一笔农地，持分为全部，去年10月间持公所核发的农业用地作农业使用证明书，向云林县税务局申报土地增值税，采农地移转予自然人不课征土地增值税的方式，将一半持分移转给儿子并到地政机关办妥登记。今年元月持同一份农地农用证明再度申报土地增值税，打算将剩余持分移转给女儿，税务局却请他重新申请，民众不解农地农用证明还在6个月有效期限内，为什么必须重新申请?
云林县税务局表示，农业用地作农业使用证明书明订有效期间6个月，主要是希望促使地主在6个月内完成农地移转登记应办的程序，并不是指农地农用证明的证据力持续6个月。本案民众将农地的持分移转一半给儿子后，土地的所有权人已与去年10月份开立农地农用证明时的状况不同，而且财政部在民国90年间已经明确规定农地农用证明虽然还在有效期间内，但是民众移转部分持分后，因时点及权利主体不同，若需再度办理移转登记及赋税减免手续时，应另行申请农地农用证明，才能适用不课征土地增值税之规定。所以农地移转部分持分后，原来的农地农用证明不能沿用，必须重新申请才行。