过去10年因为水产养殖业发展速度快，对环境造成破坏，造成农作物生产能力下降。为增加水产生物对疾病的抵抗力及饲料效益，在水产养殖中添加益生菌的研究应运而生，1986年开始第一例将益生菌应用在水生生物(水中的生物体)的研究，之后益生菌被应用在改善水质及控制细菌性的传染疾病。现在已有足够的证据可以证明益生菌可以提高对营养物质的消化率、降低紧迫等。目前，有许多具经济价值商业用的益生菌，像是枯草杆菌、乳酸杆菌、肠球菌、肉食杆菌、酿酒酵母等。
根据统计资料显示，益生菌的原料、补充剂、食品等在2008年时产值达美金15900百万元，预计到2013年时将达产值美金19600百万元，成长幅度约4.3%。目前应用在畜牧及养殖业的益生菌商业产品化已相当普遍，使用方法多数作为饲料的添加剂或直接加入水体中，并可依功能性区分为以下几类:1.促进成长、2.抑制病源菌、3.增加对营养物质的消化率、4.改善水质、5.提高对紧迫的耐受性、6.提高繁殖率等主要功能。且益生菌在传统型的食品产业中已被运用相当广泛并且认为是安全的，为因应全球粮食危机、过渔等因素，水产养殖产业成为替代的主要方案，并借由益生菌的辅助可提产业的产值及产量，但还是要根据不同养殖物种、生理条件等调整使用方法及菌种。目前益生菌的应用在国际上并没有统一规范，将来若要应用在人体上，世界卫生组织等就必须建立一套系统，以确保其使用的安全性。《产业发展中心何珮琳摘译》
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