近年来，在政府行政体制的改革发展过程中，出现地市合并“市管县”的形式，地级市政府成为省县之间的一级政权组织，这样地市级教育行政组织机构作为派出机构的性质改变，转而变成相应政府机构内的职能部门，由对教育行政管理的较“虚”状态，转而变为“实”。与此同时，随着基层政权建设的加强和“分级办学、分级管理”体制的形成，乡(镇)教育行政组织机构的建置和作用就显得越来越重要，它相对于县级教育行政组织机构的派出性质也就发生了很大的变化，直接主管着本乡镇的教育事宜。当前需要研究的是，在地方教育行政组织系统中，地市级教育行政组织由省级教育行政派出机构变为一级政府职能组织，工作由“虚”变“实”后，其与省级教育行政组织及县级教育行政组织的关系如何处理’过去其主要起上传下达的桥梁作用，现在则要对所属县(市)进行直接的管理，省级教育行政对县级教育行政的管理增加了一个层次，县级教育行政组织与省级教育行政组织之间的沟通增加了一个不能绕过的环节、这对于教育行政组织系统的功能发挥和教育行政组织工作效率将产生什么影响?乡镇教育行政组织由县级教育行政组织的派出机构变成与之相应的政府职能部门后，在经济文化条件好的乡镇发挥了应有的职能，对促进所辖区域教育的发展起到了重要作用，但在经济文化等条件比较落后的乡镇却难以起到应有的作用。譬如，当前一些乡镇教师工资发放无着落，就与乡镇教育行政机构缺乏统筹能力有关，所以对应政府行政组织的层级设置不同层级的教育行政组织，不能简单地进行“分级办学，分级管理”，还应划定不同层级教育行政组织机构之间的权限，即处理好各级教育行政组织机构之间的关系。