本系于民国五十九年成立，原名“造船工程学系”

本系于民国五十九年成立，原名“造船工程学系”，于民国六十五年奉教育部令更名为“造船及船舶机械工程学系”。

本系以配合国家需要，培养训练造船及船舶机器人才，促进我国造船及船舶机械工业之发展为目的。于民国六十八年行政院农业发展委员会为了促进我国渔业的发展，增加渔民的收益，乃于本校附设“渔船及船舶机械研究中心”，利用本系的师资及设备从事有关于渔船**船型及船舶机械省力化自动化方面之研究。民国七十九年八月成立造船研究所硕士班，民国八十二年成立博士班。于民国八十三年奉教育部核准将“造船工程研究所”更名为“造船及船舶机械工程研究所”。同年，本系亦从建国校区之旧系馆迁入位于自强校区之新系馆。为了提升国内外学术竞争力，因应科技整合之新趋势，于民国九十二年更改系名为“系统及船舶机电工程学系”，新的专业课程将符合各领域的需求，并给予学生跨领域的训练。跨领域教学与科技整合一直是本系特点之一，系名的变更不仅可以凸显其原有的特色，亦可以促进各不同领域的整合，发挥整体配合的效果。