大湾南巡宫主祀五府千岁，民国67年(1978)，南湾村村民杨文贤由南鲲鯓代天府恭迎吴府三王金身份灵至家中镇宅奉祀。期间每遇疑惑皆请示筊杯解惑，由于千岁威灵显赫、理事分明，因此广受杨氏家族与大湾地区信众尊崇。

其后由于信徒日增，民国75年(1986)，吴府三王向玉皇上帝请旨立坛，是为三王坛。

至民国77年(1988)，再增祀五府千岁，并承蒙南鲲鯓代天府五府千岁同袍恩赐宫名曰‘南巡宫’，并成立南巡宫管理委员会。

民国92年(2003)，因宫庙场所狭小，乃由地方提议购地建庙，于同年完成庙地购买，历时五载，于民国98年(2009)竣工，成今日之貌。