基金会(以下简称本会)最高决策机构为董事会，董事任期三年，第一届董事由教育部商请有关机关代表、学术界人士及企业界捐助人士组成，以后每一届董事均依本会捐助章程，由前一届董事选举产生。本会自第五届董事会起设置监察人，监察人负责监督本会会务与稽核本会财务，监察人由董事会选任，任期与董事相同；另设财务委员会，督导本会财务管理。本会总部设在台北市，由执行长综理本会业务，并设副首席执行官。另于美国设立美洲办事处，接受北美分会主席之监督。
本会设五个地区咨议委员会，国内、美洲、欧洲、亚太及新兴地区咨议委员会由国内外学术界资深学者共约五十五位组成，由执行长召集，邀请各学科中杰出学者担任，以协助本会审议申请补助案件。本会另聘顾问若干人，由国内外学术耆宿与社会贤达人士担任。
本会日常事务由总部办事处与美洲办事处分别处理。