益生菌中最常见的菌种类是乳杆菌属(Lactobacillus)或双歧杆菌属(Bifidobacterium)。 益生菌补充剂通常是冷冻干燥的（但仍然活着）； 当您服用补充剂时，它们会在您的消化系统中升温并变得活跃。
在人体的消化系统中，从胃、小肠到结肠分布不同族群及数量的微生物。肠道内的微生物菌群主要可以分为两类，第一类为有益菌；第二类为有害菌。当有害菌的数量上升，产生有毒物质时，会对人体健康造成危害。
益生菌除了可将抗生素相关性的腹泻减少若 60%外，更能有助舒缓比腹泻更常见的便秘问题 。研究人员发现益生菌有助把肠道转运时间(Gut Transit Time) 减慢 12.4 小时，从而令每周排便次数增加 1.3 次，并有助于软化粪便，使其更容易排出3。
由于益生菌可以和有害菌竞争吸附肠道的位置，因此产生竞争性抑制作用，当益菌的数量上升时可以抑制有害菌在肠道内的定殖作用。并同时有助改善乳糖不耐症、便秘、腹泻、调节免疫力等功能。