食品加工科的前身为农产制造科，成立于1962年，随着食品科技的进步，食品种类越来越多元化，于1974年改名为食品加工科。本科目前班级数为六班，由于国人饮食习惯的变化，食品加工技术日新月异，近年来更由于食品安全问题，使得食品检验与加工同样受到重视，本科隶属于食品群，旨在培育食品加工、研发、检验、卫生管理等之专业基础人才为目标。

1. 旨在培育“食品加工”及“食品检验分析”之专业技术人才。

2. 本科设有“丙级烘焙食品面包技术士”及“丙级食品检验分析技术士”国家合格检定场所，供本科学生检定。

3. 食品加工领域使学生具备烘焙面包及中式米面食之制作能力外，更结合云林在地农、渔产品元素融入于各食品加工课程，以至于最后进行食品包 装从产地、加工到包装有连贯的规划。

4. 食品检验分析领域使学生具备食品检验分析的基础能力外，导入食品安全及现代食品生物技术的元素，使课程能在传统中仍保有与时俱进的精神。

5. 应用课程所学，每年举办“创意食品加工专题竞赛”激发创意，使所学内容于竞赛中有印证实现的机会，进而培养食品研发的能力。