财政部北区国税局表示，最近股市交易热络，不少投资人因此获利，虽然所得税法第4条之1规定证券交易所得免征所得税，但营利事业在办理年度结算申报时，出售股票交易如有获利，除了依所得税法规定计算课税所得额外，还必须依所得基本税额条例的规定，将证券交易所得计入基本所得额。
该局举例说明，甲公司107年度出售国内上市柜公司股票，所以在108年5月申报107年度营利事业所得税时，出售股票产生之证券交易损益，在计算应计入基本所得额之证券交易所得时，应特别留意出售的股票是否有下面所提到的3种情形，以减轻税负：
一、出售的股票如果有包括国内上市柜公司所配发的股票股利，在计算证券交易损益时，得依财政部99年8月6日台财税字第09900179790号令规定，以面额计算成本。
二、出售股票的持有期间满3年以上，在计算当年度证券交易所得时，减除其当年度出售持有满3年以上股票之交易损失后，余额为正者，以该证券交易所得的半数计入基本所得额。
三、当年度应计入基本所得额之证券交易所得，可减除前5年经稽征机关核定之证券交易损失。
北区国税局提醒，营利事业将证券交易所得计入基本所得额，可能会增加营利事业应缴纳的所得税，如果能善用上面所提到的三种方法，除了依法申报外，又可享有租税优惠。