数学系的基本使命为培养具有丰富的基础知识、专业知识和创造能力的数学人才，让他们圆满解决国民经济各方面的科技问题，并取得尖端科研成果。

金日成综合大学刚成立时有理学系，物理系有数学专业。后来理学系改称为物理数学系，主体49(1960)年物理数学系分为物理系和数学力学系，主体99(2010)年数学力学系又分为数学系和力学系。

数学系有10个教研室(分析学教研室、代数学教研室、几何学教研室、微分方程教研室、概率与数理统计学教研室、运筹学教研室、计算数学教研室、离散数学教研室、算法理论教研室、高等数学教研室)和2个研究所(信息数学研究所、应用数学研究所)。

设有数学专业、计算专业、应用数专业和现代数学专业。

数学系现有专任教师和研究员110多名，其中候补院士2名，博士40多名，教授和副教授50多名。