华西基础医学与法医学院设有12个教研室（系）（人体解剖学教研室、组织胚胎学与神经生物学教研室、药理学教研室、病理生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、生理学教研室、免疫学教研室、法医物证学教研室、法医病理学教研室、法医毒（药）物分析教研室、法医精神病学教研室、病原生物学系），3个研究室（生物医学工程研究室、应激医学研究室、放射医学研究室），1个研究所（法医研究所），1个公共实验平台，1个服务性科室（同位素室），2个专业教学实验室（基础医学实验室、法医学实验室），1个四川大学国家级实验教学中心（由解剖学实验室、形态学实验室、机能学实验室、生物分子实验室组成），1个挂靠单位（实验动物中心）。