环保署于1987年8月22日成立，简又新衔命担任首任署长，当年即公布“环阶段环保护政策纲领”，宣示“蓝天绿地、青山净水”为责任与目标，以“预防原则”、“污染者负担费用原则”、“合作原则”及“民营化原则”全面检讨增修订环保法令规章，以“全民终生环境教育”为理念，策定推广计划并扩大宣导，奠定我国环境保护发展基石，并逐步完成组织建制，大幅培养我国新生代的环保官员，辅助地方政府成立环境保护局，分发“扩大污染源稽查管制计划”约聘稽查人员及采购稽查车至各地方环保机关，充实稽查取缔能力。
任职期间严格管制重大污染源，并全力推动都市垃圾处理计划、垃圾资源回收厂兴建计划，以解决垃圾大战问题，推动淡水河污染整治计划之先期工程，包括生活污水改善工程、垃圾处理改善工程，加速推动淡水河系的污染整治，计划推动直至1997年，目前新北市的大汉溪沿岸树林、土城、新庄、板桥、三重等区域的河川垃圾场共清除1000多万公吨，创造近300公顷的高滩地，经绿美化后如今河岸有广大的绿地，成为民众休憩活动的空间，亦可防止废弃物倾倒，整治非点源污染。
1989年运用中油超额盈余专款，建置空气质量监测站网，共设置66个测站包含一般大气测站、交通测站、工业测站、国家公园测站、背景测站等，是我国第1个较完整的空气质量监测网。
此外，简又新署长推动蓝天、清流、甘泉（确保用水水质的安全卫生，解决地下水及水库水源的污染，建立饮用水对健康之影响资料，并进一步改善饮用水质，以确保全民健康）、安靖、天网（空气质量维护改善与管理）等全国性环境保护计划。
启发意识、充实知识进而建立共识，动员国人推动环保工作，简又新署长重视全民环境教育，结合环保行动计划，推动飞鹰（减少空气污染）、海鸥（净滩）、海豹（清除海底垃圾）、华陀、诺贝尔、外星宝宝（分别回收废金属类、废塑胶类、废玻璃、以及废纸）等一系列以“后瞩教育”为主的全民环保教育宣导活动计划，透过学童教育进一步影响家庭成员，再扩大至全民参与，导正国人的观念与行为，为我国环保意识奠定好的基础，进入一个国民素质与环境品质共同提升的境界。