本校于100年1月10日第八届董事会第六次会议审议通过“财团法人元智大学内部控制制度实施办法”及“元智大学内部控制制度实施办法”，于101学年度上学期完成内部控制制度建置，于101学年度成立内部稽核小组，并于102学年度正式成立内部稽核委员会，透过定期检核，衡量现行人事、财务与营运所订政策、作业程序之有效性及遵循程度，确保学校内部控制制度推动成效；考量“内部控制”强调内控制度之设计与执行，“内部稽核”则着重监督与查核，为明确区隔两者功能，避免职能冲突，强化内部稽核之超然独立性，于105学年度成立内部控制委员会，以检视营运风险，检讨并强化内部控制作业，提升整体营运效能，其下设内部控制推动小组，统筹各项内部控制推动作业规划事宜。

依第十届董事会第八次会议(108年11月18日)决议，学校内部控制制度实施手册之修订，授权校长核定后颁布，学校法人董事会内部控制制度实施手册之修订，授权董事长核定后颁布；二者之修订重点皆须定期提报董事会议核备。

内部控制作业程序及内部控制点：