本院设置民事庭（含民事劳工专庭、民事选举专庭、民事医疗专庭、民事工程专庭、民事智财专庭、民事消债专庭、民事原住民专庭、民事国赔专庭、民事金融专庭等）、刑事庭（含刑事军事专庭、刑事医疗专庭、刑事金融专庭、刑事肃贪专庭、刑事选举专庭、刑事智财专庭、刑事性侵害专庭、刑事原住民专庭、强制处分庭、刑事审查庭、刑事简易庭）、少年法庭、家事法庭、板桥简易庭、三重简易庭、行政诉讼庭、司法事务官室、调查保护室。
本院设置非讼事件处理中心、登记处、提存所、公证处。
本院设置书记处、人事室、会计室、统计室、政风室、资讯室。
书记处（设书记官长一人）下辖民事纪录科、刑事纪录第一科、刑事纪录第二科、少年纪录科、家事纪录科、板桥简易纪录科、三重简易纪录科、行政诉讼纪录科、民事执行纪录科、非讼纪录科、法官助理室、文书科（含收发收费、阅卷室、监印室、扫描中心）、资料科（含档案室、图书室）、研考科、总务科（含出纳室、赃物室、物品库）、诉讼辅导科及法警室。
本院设置考绩委员会、法官评鉴委员会、法官自律委员会、甄审委员会、刑事补偿事件求偿审查委员会、性骚扰防治申诉委员会、司法事务官业务管理委员会、法官助理管理委员会等。