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chip-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后
ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后, 分离与其结合的基因组DNA片段,并通过高通量测序, 在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点, 且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。 用于在全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段, 对基因表达的调控以及染色体的功能结构。 已广泛应用于人、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等物种的研究
高通量定序网络研讨会:高通量定序数据处理与品质控管─ ngs
高通量定序网络研讨会:高通量定序数据处理与品质控管─ NGS data QC 主题:高通量定序数据处理与品质控管 ─ NGS data QC 次世代定序 (Next Generation Sequencing NGS) 技术大幅扩展基因体学研究的广度与深度,随着定序仪规格升级,输出量更是大幅提升,例如Illumina NovaSeq 6000 S4芯片一次下机通量高达 3Tb!因此如何有效率并正确的处理这些巨量数据就是基米生物资讯部团队的第一个任务。 下机原始数据通常会经过:去除转接子序列 (adaptor trimming)、样品拆分 (de-multiplexing)、品质过滤 (quality filtering) 等步骤,才会得到最后可进行基因体分析的“Clean reads”。透过数据品质控管,可以检验建库与上机的流程完善与否,并确保下游生资分析的最终结果