临床医学研究所前身为医学研究所临床组，在历届所长：萧柳青教授、江汉声教授、许准榕教授以及林建煌教授的领导下，建立了本所宏观的架构。2006年10月临床医学研究所已经由教育部核准成立，隔年8月正式独立为临床医学研究所，由陈亦仁教授担任第一任所长，于2011年，由林裕峰教授出任第二任所长，2016年由陈冠州教授接任第三任所长，2022年11月由蔡坤志教授接任第四任所长。

本所成立之宗旨主要为培育临床医师具备卓越研究能力成为杰出之“医师科学家 (Physician scientist)”，为因应分子医学世代带来的巨大挑战与崭新机会，在博士班训练与养成的过程中，将着重培养学生分子转译 (Molecular translation) 的能力，提升其在分子医学相关知识与技术的孰悉度与掌握度，培养其以分子的角度探索疾病的产生与过程，借此发展更加精准与有效的分子诊断与治疗方式。自102学年度起，本所硕士班亦开放生命科学相关科系者修读，以扩大养成基础研究与临床医学相结合的人才。本所提供一系列的课程，让所有研究生在接受完整的训练后，具有独立进行研究与整合临床与基础转译研究议题之能力。并期许本所毕业生能借由研究持续的进行来获取解决临床问题之方法，提升医疗品质、促进社会福祉。本所致力于教学、研究，连续获选为本校研究绩优系所，成果备受肯定。