离婚该年度可以双方可以自行选择综所税分开申报或是合并申报，但只有离婚该年度可以自行选择，下年度就必须分开申报。
国税局提醒，根据所得税法规定，夫妻离婚后，该年度申报所得税双方可以自行选择综合所得税要合并申报或是分开申报；但在下一年度因为婚姻关系已经不存在，所以就不能再合并申报，否则将面临补税以及漏税额0.2倍的罚锾。
另外离婚生效年度也需要特别注意，如果是两愿离婚，则是以登记的日子判断离婚生效年度，也就是假设是107年登记离婚，则在申报107年综合所得税时仍可以选择要分开或合并申报；但如果是裁判离婚则是以裁判日判断离婚生效年度，而非登记离婚的年度。
国税局举例，夫妇两人在105年经法院判决离婚，106年向户政事务所办理离婚登记，但两人106年仍采合并申报，事后被国税局发现，将两人改为分开申报，在剔除配偶免税额、标准扣除额后，其中一方必须补税，并得依法处以罚锾。
国税局表示，上述案例中，夫妇两人在105年还可合并申报，但106年起，因法院判决婚姻关系已不存在，即使还没向户政机关完成登记，一样不能合并申报，以免面临补税罚锾。
不过如果是分居的纳税人及配偶，原则上必须合并申报，除非有遭受家暴、取得保护令，或符合民法规定难以维持共同生活，分居六个月以上，向法院声请宣告采分别财产等情形，才可分开各自办理综所税申报及计算税额，免合并归户核课。
另外如果仅因夫妻感情不睦而分居，导致无法合并办理结算申报，可分别填报申报书，但仍应在申报书上填写配偶姓名、身份证统一编号及勾选“分居”字样，由国税局按夫妻所得额、扣除额资料归户，据以核定夫妻各自应补征或退还税额，否则恐涉及规避累进税率，遭国税局开罚。
国税局举例，王先生与配偶在104年间结婚，后来夫妻感情不睦而分居，王先生107年办理106年综所税结算申报时，双方都没有在结算申报书中填载配偶姓名、身份证统一编号，也未勾选“分居”，就各自分别办理结算申报，最后导致短漏税额，遭国税局补税。
离婚夫妻要特别注意自己的离婚生效年度，以免合并申报后被国税局要求补税及处以罚锾。