旨在培育独立自主的研究能力，整合以教学、研究及产学为导向之医疗器材与系统学程研究课程，着重“从医疗需求到产品概念”之医疗器材研发过程。期望深入探讨医疗行为中所遭遇到的问题，进而提出解决方案，并设计出创新之医疗器材。此学程不仅扩大学生除了就读该系(所)的主专长训练外，进而提供另一个学习管道针对医疗器材创新之次专长学程。本课程设计以医学工程为基础，涵盖“生物力学及复健工程”、“生医材料”、“医学电子与影像”与“医学资讯”课程。其中运用医学资讯，以期强化实证应用之验证。
课程设计之特色，在于每一理论课程将训练学生以该应用提出相关专题或案例报告，以加强双向沟通，达到学以致用之目的。此外，将安排学生参访不同类型之医院管理，藉观摩访问吸取经验，以验证及结合理论和实务。
本学系特别顾及学生课后练习与小组讨论，将充份运用学校电脑设备与网络进行教学，开辟更方便之学习空间。此种教学方式也将使学生熟悉并应用资讯为学习方法，以建立终身学习之管道。
本学程将敦聘校外及国际著名学者专家来校进行专题演讲之模式外，并借由跨校合作方式以达到学术交流并提供学生不同之学习机会。
课程另一大特色为本校有一千六百床附设医院、市立小港医院和市立大同医院将可提供充分**实务演练场所。部分师资为曾任附设医院、小港医院和大同医院院长、副院长及各科部主任等高阶层人员担任，此有效将使理论印证实务或实务证明理论。