本系朝培养具现代生物医学训练之人材，一方面建立扎实基础使其有能力进入相关领域(如教育或生物科技)；另一方面具研究潜力及兴趣的学生，可进入基础医学、医学生物技术、生医工程等研究所。可经由申请学硕学程直攻硕士学位，以充分落实人才培育之理念。同时也提供杰出学生七年一贯完成博士学位。期望能培养出领导国内生物医学发展的人才，达到在生物医学中有卓越贡献的长期目标。
由于课程规划着重现代生物医学的扎实训练与培养独立进行研究工作（学士论文）的经验，我们的毕业生具备基础与应用两方面的训练，就业或继续深造都可以胜任。未来本系对具研究潜力及兴趣的学生，将鼓励进入本校五年一贯学程，进入生物医学、医学生物技术、生医工程等研究所，直攻"硕士"学位，以充分落实人才培育之理念，同时也提供学士径行修读博士学位。本学系期望能培养出领导国内生命科学发展的人才，达到在生物医学中有卓越贡献的长期目标。
由于课程规划着重现代生物医学的扎实训练与培养独立进行研究工作（学士论文）的经验，同学毕业后就业的机会宽广，包括参与学术研究机构，医院及生物科技产业的研究发展工作及生技制药公司市场分析与开发。加入“学硕学程”之学生，可以直接进行研究完成论文工作，即取得硕士学位。如果大四时才决定要继续进修，则可报考国内外各大学研究所包括本校医学院之生物医学研究所，医学生物技术研究所，中医学系传统中医学硕士班或工学院之生化及生医工程研究所，可从多项生医科学领域选择进修（如生化分子生物，生理药理，微生物免疫等）之硕、博士学位，完成研究所课业，成为有能力构想开发，担任生技产业研发工作，也可进入学术单位，担任教学研究工作。至101学年为止，共有66位同学进入学硕学程学程，3位进入学士学位完成毕业生径行修读博士学位学程，留在本校继续念博士学位者多人，完成博士学位共有4人，赴国外（美国、英国、加拿大和德国）进修者共15人。