日本研究主修课程密集而严谨，培训内容涵盖日本语、日本文化和社会。本课程的重点是赴日留学一年作交换生。本系与日本十九间在九州、名古屋、大阪、京都和东京之顶尖大学设有学生交流计划。学生可申请奖学金以支付交流计划的费用。除了在日本上课外，所有学生均须要完成一个主要的研究计划，和以这研究为基础在第四年 时提交毕业习作。在第一年和第二年的时候，主修生须要修读日本语(课程适合不同日语程度的学生)、日本文化和社会，以及实地研究方法。第三年是在日本修读。第四年，学生返回中文大学，由研究导师督导他们撰写毕业习作，还要修读日本语和日本研究选修科及其他大学要求的科目。