智能系统与生物信息研究所是自动化学院新兴学科比较集中的研究所，且拥有浓厚的国际学术氛围。模式识别、智能优化是研究所的主要学术研究方向。目前，基于指纹、静脉、人脸、步态等生物特征的人体身份识别技术，不论理论学术水平，还是实际应用水平均处于国内领先地位；新近开展的分子生物信息学则利用模式识别、智能优化的方法与手段在分子层次上解读生命问题。在切实的国际合作背景下，在药物信息学、基因表达调控等多个国际前沿课题上展开高水平研究；在承接空间相关技术研究基础上，海洋潜器再生式环控生保系统（生命支持系统）是研究所一个新的研究增长点。与此同时，研究所还在水下目标识别、大尺寸焊接机器人等方面展开富有成效的研究。