环安组负责实验室及实习场所安全卫生管理，94年2月本校依相关法令规定成立环境安全卫生委员会，由校长担任召集人，并依规定每三个月至少开会一次。
环安组配合环境安全卫生委员会，近年来陆续制定安全卫生相关规章，并进行实验安全卫生查核，推动毒性及关注化学物质与有害废弃物管理，逐步建构起安全卫生管理体系。
已通过的规章包括“职业安全卫生管理计划”、“环境安全卫生委员会设置要点”、“环境保护及安全卫生管理要点”、“职业安全卫生工作守则”、“年度安全卫生自动检查计划”、“危害通识计划”、“国立台南大学承揽商环安卫管理要点”、“国立台南大学毒性及关注化学物质与有害废弃物管理要点”等。
本校安全卫生管理组织及人员、毒性及关注化学物质运作许可、废弃物申报等，皆依政府相关法令办理。本校并于92年申请教育部辅助，建造完善的废液储存设施，妥善贮存与清运实验室废液及有害废弃物。每年寒暑假期间定期进行实验室查核。95年教育部推动实验室安全卫生认证计划，本校共有12间实验室获得三颗星，96年教育部在“工程施工”与“施工安全卫生”查核，本校皆获甲等评比107年教育部办理大专校院校园职业安全卫生管理辅导及验证认可，本校获得验证认可“教育部校园安全卫生管理制度”学校。