花莲、台东两县，地处台湾东隅，原无高分院检之设置，上诉二审之案件，当 事人须分别远赴台北、台南诉讼，来回奔波极为不便。前司法行政部基于便民之意旨并顺应地方舆情，乃于民国54年5月1日先行设立台湾高等法院花莲临时庭暨检察官办公处，并积极筹设花莲高分院、检事宜。至民国61年7月15日，正式成立台湾高等法院花莲分院暨检察处，并于民国62年2月1日迁入现址办公。

民国78年12月24日，配合法院组织法修正实施，改制为“台湾高等法院花莲分院检察署”。88年1月22日配合台湾高等法院花莲分院，成立“台湾高等法院花莲分院检察署台东临时办公室”。

民国107年5月25日，法院组织法第114条之2修正案生效，检察机关名称去法院化，本署更名为“台湾高等检察署花莲检察分署”。