南怀仁基金会是以比利时耶稣会的传教士南怀仁而命名的，他是著名天文学家，也是清康熙皇帝的老师。
本基金会于 1982 年由圣母圣心会在（比利时）鲁汶大学设立。
南怀仁基金会赞助鲁汶大学南怀仁研究中心以及台北南怀仁 研究中心的各项活动；
透过这些机构，基金会积极推动中国教会史方面的学术研究，以及与中国教会的牧灵合作。
南怀仁基金会的优先关怀是：与中国教会发展新的关系 积极响应教宗本笃十六世的牧函。
帮助中国教会最有效之道，在于投入教会人员的培育。
因此，本基金会对中国大陆教会牧职人员（神父、修女、修士、教友）的培训提供支助。
我们与中国的教区或修会团体直接联系，并监督捐款之善用。
我们为神父、修女、修士、及教友牧职人员的培育提供奖学金，以国内的培训计划为优先。
我们也邀请神职人员到欧洲、美国或菲律宾的一些学院接受福传方面更专业的培育，
以期他们学成归国后，到各修院及培育机构授课。
本基金会也积极回应中国的求助、（小规模地）支援中国西北部教区的一些社会发展计划，