爱尔眼科学院综合办公室是学院全面负责研究生教育教学及日常管理工作的管理机构。职能如下：

1. 负责硕士、博士研究生招生工作，包括招生计划制定、招生目录编制、招生信息发布、报名组织、考务组织、复试组织、录取上报工作等。

2. 负责研究生招生宣传工作，包括宣传方案拟定、宣传材料制作、宣传用品设计、宣传组织等。

3. 负责硕士、博士研究生培养方案的修订，培养基地管理及培养质量督导工作。

4. 负责硕士、博士研究生教学管理，包括研究生课程管理及教学质量的监督，教学经费预算管理，研究生业务经费下拨与导师工作量核算。

5. 负责硕士、博士研究生在学期间科研工作的监督与管理。

6. 负责硕士、博士研究生学位管理，包括专业学位授予管理及学位授予工作；论文送审资格审查、评审、毕业证书与注册管理，学籍异动管理；学术规范化建设及档案管理。

7. 负责学生思想政治、社会实践、心理健康教育与生活、安全教育管理。

10. 负责编制及管理学院运行开支及人员工资、津贴发放工作。