食用菌的废料(菇渣)完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆,由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质,不能被动植物直接吸收,而食用菌却能分泌溶解这些物质的酶,并将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞吸收的小分子糖、酸、醇等。在这些酶的参与下,食用菌不断获得营养,菌丝体不断发展充实,长成子实体,子实体(菇)采收后,培养料(废料)里留下的大量菌丝体含有营养丰富的菌体蛋白。
除了可作为肥料使用外,还可以作为饲料、吸附剂和园林花卉即蔬菜的栽培基质;特别是经食用菌菌丝分解后的秸杆表面的角质层和硅细胞组织及纤维,由于结构遭到破坏,所以质地疏松,气味芳香,适口性好,是一种营养价值高的饲料。
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