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台南神学院是一个神学教育机构，以培育专业的侍奉人员和从事相关的学术研究，来服事台湾教会和社会，建设台湾成为一个合乎上帝旨意的国度。 为了这个目标，南神以道成肉身的耶稣基督为信仰中心，将上帝创造的心意和拯救的恩典，具体化在台湾的情境，和台湾人民融合在一起。南神也是世界和台湾的桥梁，运用普世的资源和智慧，为乡土营造美丽的愿景和契机。 为了让人相信真理，南神更是一个学术机构，有系统地陈述上帝的创造，基督的救赎和圣灵的教导，让信徒和全世界更了解自己的处境和前景。