本学程研究生之使用空间以指导教师之研究空间为主。学程专任教师皆有独立之办公室与实验研究空间，而学程合聘教师于主聘单位亦拥有独立办公室及研究空间。
此外，药学院于七楼(第一、第二、第三会议室)、八楼讨论室、九楼讨论室、及十楼皆设有会议室，可以提供小组讨论及学生活动使用，另外七至十楼皆有公共空间可提供随时随地的交流使用。
药学院亦提供公共实验室之使用空间，包含：(1)P2细胞培养室、(2)微生物培养室、(3)动物实验室、及(4)非课程时间八楼学生实验室等。管理机制：药学院及学程的相关空间，都有专属的负责人，皆开放学生预约使用。
(1)校级实验空间与仪器：学校亦设有动物实验中心、共同仪器中心等核心实验室，供与本学程实验所需之设备与空间。教师及学生可利用线上系统申请使用，共同仪器均有专人管理，透过不定期举办动物中心或仪器说明会，教导全校师生正确使用公用空间与仪器。
(2)学程仪器设备：除校方提供之共同仪器中心之仪器设备外，校方会由教育部奖补助款中，补助本学程共同使用设备，部分教授亦由各项研究经费(如教育部、国科会等)中，补助购得设备。管理机制：设备管理者，都由提出采购教师负责。当机器购入时，会举办使用说明会，参加之研究生，则可以预约使用。必要时，会加办仪器使用说明，提供新生学习。