正确答案：A
染色体变异是指染色体结构和数目的改变。染色体结构的变异主要有缺失、重复、倒位、易位四种类型。染色体数目变异可以分为两类：一类是细胞内个别染色体的增加或减少，另一类是细胞内染色体数目以染色体组的形式成倍地增加或减少。单倍体是具有体细胞染色体数为本物种配子染色体数的生物个体。凡是由配子发育而来的个体，均称为单倍体。
解：A、染色体结构变异会使排列在染色体上的基因的数目或排列顺序发生改变，A正确；B、原核生物没有染色体，也不会发生染色体变异，B错误；C、用秋水仙素处理单倍体植株后得到的有可能是二倍体、四倍体，C错误；D、染色体增加某一片段是染色体结构变异，大多数是不利的，D错误。
染色体变异包括染色体结构变异和数目变异：（1）染色体结构的变异：指细胞内一个或几个染色体发生片段的缺失、增添、倒装或移位等改变；（2）染色体数目的变异：指细胞内染色体数目增添或缺失的改变
解：A、花药离体培养后长成的植株是单倍体，属于染色体数目的变异，A正确；B、染色体上DNA碱基对的增添、缺失和替换属于基因突变，B错误；C、减数第一次分裂后期，非同源染色体的自由组合属于基因重组，C错误；D、四分体中非姐妹染色单体之间相应部位的交叉互换属于基因重组，D错误。