为了推动东北亚交流合作，并凸显出以地方政府为中心的国际组织的必要性，于1993年在岛根县举办本联合会的前身——东北亚地方政府会议。与此同时，来自韩、中、日、俄4国10个地方政府代表参加了会议.
1998年，在富山县举办的第二次全体会议中，决定修订**以及批准蒙古地方政府的加入，并同意成立国际通商、文化、环境、防灾、一般交流专门委员会。1999年在第二次事务委员会上作了首次专门委员会活动报告，并就联合会的经费承担问题进行了讨论.
2000年，在兵库县召开的第三次全体会议上，就共同鼓励朝鲜地方政府参与联合会的事宜达成了共识，并于2001年第三次事务委员会会议上，就参会地方政府承担会议一部分经费、以联合会名义使用后援单位的要纲、设立常设秘书处等事宜进行了讨论.
为增进东北亚地方政府间相互理解和人员交流以及信息交换，由富山县担任协调员地方政府成立一般交流专门委员会。其专门委员会举办“东北亚（NEAR）交流的船只”、“东北亚21世纪妇女会议”等活动.
由富山县担任协调员地方政府，以环境领域合作与圆满开展环境相关项目为目的。调查各地区东海沿岸的填土造陆或漂浮物情况、共同调查东北亚候鸟、发行2003环境白皮书、举办东北亚国际环境讨论会等各种活动.
文化交流专门委员会由岛根县担任协调员地方政府，通过东北亚地区青少年交流项目，增进各地区相互理解和友好交流。岛根县每年举办“东北亚交流之翼-in岛根”活动.
防灾专门委员会通过防灾领域交流，来提高全东北亚地区的防灾能力并对此做出贡献。考虑到各国和各地方政府对地震、水灾、山火、旱灾等灾害的多样性和应对能力差别， 以协调员地方政府——兵库县为中心，开展相关信息和人员方面的交流项目.