合并交易过程中当事公司通常制作、签订如下合同。
随着合并交易的开始，常可以看到当事公司为防止公司相关非公开事实或信息泄露而签订保密协议。
保密协议一般包括保密信息范围、使用目的、当事人及相关人员的范围、权利义务、不可抗力、损害赔偿、保密期限、返还方式等条款。当事公司也可以对保密协议中未约定事项或争议条款另行签订协议。
因此，信息公开方和信息接收方在签订保密协议之前应明确双方权利、义务。
意向书，是指具有缔结合同意图的当事人决定将双方间已掌握的事项制定成文书而习惯性地使用的一种书面文件（田中英夫《英美法辞典》东京大学出版社，1997年513页参照）。
因此，合并过程中的意向书，是当事人在正式签订并购协议之前经磋商签署的初步性文件。
一般合并意向书中会设定独家交易条款，但其是否具备作为法的约束力内容之一的“差止请求权”，就此问题，最高裁在“住友信托对UFJ并购‘差止仮处分’案”中裁定：“独家交易权是最终为使合同成立的一种手段，依常理如认为合同最终将不可能成立的，那么依据独家交易权所产生的债权也将消灭”（最决平成16年8月30日民集58卷6号）。借此我们可以了解到，即使在合同中定立了独家交易权条款也有其法律效力上的极限。但达成的合意事项如果造成实际上有再行磋商困难的效果的，如至少约定以后一定期限内禁止与他方洽谈磋商的，应认为该独家交易条款具有法律效力（江头宪治郎《株式会社法（第６版）》有斐阁，２０１５年６３页参照）。
因此，签订合并意向书时，买方应注意审核违约金、损害赔偿条款，而卖方则应注意善意注意义务和忠实义务等方面的内容。
合并合同中规定合并条件、存续公司・新设公司的组织机构・体制、合并程序日程等内容，同时基于对股东权益保护，合同中应具备法定条款（日本《公司法》749条1款、753条1款）。作为法定条款的合并条件和存续公司、新设公司的组织机构・体制等内容属于强制性规定，所以说日本《公司法》中的“合并合同”具备较强的组织法特征（田村淳之辅《合并手続の构造と法理》有斐阁，１９９５年３４页参照）。
合并合同中未规定法定条款或规定内容违反法律禁止性规定的，原则上该合同无效（江头・前掲书855页参照），但为确保法的安定性，未经合同无效之诉则不得主张合并合同无效（日本《公司法》828条1款7项、8项）。
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