5. 黄一农，2005，《两头蛇：明末清初的第一代天主教徒》（新竹：国立清华大学出版社），557页。简体字版于2006年由上海古籍出版社发行，2008年重印。繁体修订再版于2007年国立清华大学出版社发行，2014年出第三版。

32. 黄一农，2010，〈明清之际红夷大炮在东南沿海的流布及其影响〉，《中央研究院历史语言研究所集刊》（台北），第81本，第4分，页769-832。

47. 黄一农，2003，〈龙与狮对望的世界：以马戛尔尼使团访华后的出版物为例〉，《故宫学术季刊》（台北），第21卷，第2期，页265-297。