本课程包括30个单元，分上下学期授课，其中22个单元为微生物基础，另8个单元简介微生物与生态、疾病、食品、产业的关系以及微生物在生物技术的应用。本课程架构概述如下：

11. 微生物与食品的关系(单元29)

12. 微生物在生物技术的应用(单元30)

这门课程的目的是配合生化科技系培育训练生化科学研究及生化科技产品研发人才的发展方向，提供学生正确的微生物学基本观念，以深入浅出、条理清楚的方式引导学生进入微生物的领域，建立研习生化科技系各专业科目的坚固磐石。配合实验课实际操作，提升学生学习兴趣，进而吸引学生投入微生物科技、生物化学及营养科技研究的工作。