定序分析的应用面非常之广，大部分所面对的问题都是非常复杂，目前人类对这些问题的理解只仅次于完全无知。复杂科学是一门横跨各科的新兴学门，复杂系统组成成分间的多重因果非线性的特性，必须结合domain knowledge以及人工智能深度学习的辅助，才能分析出人类可理解的讯息。

除了常见的临床诊断等定序分析应用，在分子生物学的范畴里，JHHLAB主要专注于两大方向：

在这些基础科学领域JHHLAB开发的模型以及算法已经帮助许多生物的重要现象被发现。

另外，于定序分析中，资料的源头主要为电位讯号以及光学显微影像，在奈米级的尺度下，这些讯号都是对环境等外在因素非常敏感，如何从大数据中获取真实的讯息，必须仰赖影像或是讯号处理以及机器学习的理论与技术才能使定序分析达到工业标准。