法例规定，全部已填写的2016年中期人口统计问卷及该等问卷的所有副本，必须于中期人口统计开始后12个月内（即2017年6月29日或以前）销毁。

在政府统计处的职员严密监督下，所有2016年中期人口统计的问卷（包括电子问卷及纸张问卷）已于限期前销毁。此外，政府统计处亦已删除所有电脑资料档案内能使人识别个别人士及住户的资料 （例如住户档号和地址），因此中期人口统计资料现只以不记名的方式储存，以作数据发布及分析用途。再者，政府统计处已采取足够的措施，确保任何人士均无法从发布的2016年中期人口统计结果中推断得到个人及个别住户的资料。