苗栗看守所创立于民国86年，在本所未设立之前

苗栗看守所创立于民国86年，在本所未设立之前，苗栗地区有关刑事犯罪之羁押、执行业务系由台湾新竹地方法院暨检察署发交台湾新竹少年监狱、台湾新竹看守所办理。为配合台湾苗栗地方法院暨检察署之成立，法务部于80年间觅得本所现址土地办理议价征收，总面积约2.983公顷。

本所成立之主要任务为收容台湾苗栗地方法院暨台湾苗栗地方检察署羁押之男、女被告，民事管收之男、女收容人，留置处分之男、女收容人。

为因应本地区法院判决确定发监执行受刑人不需长途押送至苗栗地区以外之监狱执行并方便家属探视，以及协助疏解其他监狱人犯拥挤之问题，民国86年10月7日奉法务部核准附设“台湾台中监狱苗栗分监”，收容台湾苗栗地方检察署指挥执行刑期未满5年之男性受刑人，复于100年起依据“法务部指定各监狱收容受刑人标准表”兼收刑期未满7年之受刑人。

为配合毒品危害防制条例及观察勒戒处分条例于87年5月20日施行，本所于成立“台湾苗栗看守所附设观察勒戒处所”，办理台湾苗栗地方法院暨检察署裁定观察勒戒处分之受处分人之观察勒戒收容业务，迄至100年10月1日起本所观察勒戒业务移至专责戒治所办理。

另为贯彻执行防制青少年犯罪，落实少年观护功能，于民国87年7月1日奉行政院核定成立“台湾苗栗少年观护所”，并由本所兼办行政业务及收容刑事事件、保护事件之少年。

民国100年1月1日起，本所依据“法务部矫正署组织法”改隶于法务部矫正署，机关名称更改为“法务部矫正署苗栗看守所”，并与“法务部矫正署苗栗少年观护所”合署办公。