公司办理营利事业所得税申报时，可依据《产业创新条例》规定，选择以“抵减率15%、抵减年限一年”或“抵减率10%、抵减年限三年”二择一方式，在当年度应纳营所税30%限额内抵减应纳税额，不过国税局提醒，列报的各项研发支出，都要符合专供研发所用，否则无法认列。
财政部北区国税局表示，为鼓励产业自主研发，充实产业软实力，产创条例规定，最近三年内无违反环保、劳工或食安相关法律且情节重大的公司，其投资在研究发展的支出，经主管机关认定符合高度创新者，可抵减应纳营所税额。
国税局表示，各项研究发展支出项目规定各有其要件，提醒公司在申报时注意。
举例而言，甲公司2017年营所税申报研发支出6000万元，及投资抵减税额900多万元，但国税局查核后发现，研发支出竟包含100多万行政人员薪资、2000多万的新购仪器设备，都不是专属于研发所用的人力或设备，因此被国税局剔除并补税300多万元。
国税局提醒，可列报研发支出的各项支出项目，都必须符合规定要件。例如，薪资要列报，必须符合专门从事研发工作的全职人员薪资才可以；消耗性器材、原料等费用，则规定必须专供研发单位研究所用，且要提供完整的领料纪录，并与从事的研究能互相勾稽，才能列报。
另外常见公司列报支付专利权、著作权等费用，也必须是专为研发购买或使用；购买专业性、特殊性数据库，或软件程序及系统费用，也同样要专为研发所购买，并经中央目的事业主管机关专案认定。
国税局指出，公司或有限合伙事业在办理当年度营所税结算申报时，若想使用投资抵减，可从抵减率15%、抵减年限一年或抵减率10%、抵减年限三年两方式二择一，而抵减方式一经择定，在当年度结算申报期间届满后就不得变更，营利事业记得慎选，也必须注意各项要件，以免遭剔除补税。