CBETA 以“佛典集成”为目标，故前期作业以“大藏出版株式会社”授与协会使用之《大正新修大藏经》（以下简称《大正藏》）为底本（图一），择其中与汉传佛教较为相关之第一册至第五十五册以及第八十五册，主要内容有历代汉译之〈印度撰述部〉与中国祖师著述之〈中国撰述部〉，共五十六册，进行藏经电子化工作。数字化工作长达三年，目前已全数完成。
现正进行数字化之藏经为《卍续藏》（图二），预计 2006 年底全数完成上线。未来将持续搜寻其他汉文佛典之遗珍，纳入数字化工作，以达“佛典集成”之效。
选定《大正藏》乃因其为国际上佛学研究之权威版本，现成电子档与相关资源较多；《卍续藏》有极为丰富的中国祖师大德著述，深具价值；加以《大正》与《卍续》两藏皆为铅字排版，较适合输入作业的进行；若集两藏，重要的汉文佛典几乎囊括大部分（图三），此乃 CBETA 选定材料之优先原则。