主要区别有，原料不同、主要营养成分不同、主要食用功效不同，具体如下：
一、原料不同
1、燕麦片
是燕麦粒轧制而成的，主要原料是燕麦。
2、小麦胚芽
是从优质小麦粒中萃取的精华，主要原料是小麦粒。
二、主要营养成分不同
1、燕麦片
主要营养成分为β葡聚糖，低密度脂肪蛋白，丰富的维生素，钙、磷、铁、锌、锰等矿物质。
2、小麦胚芽
主要营养成分为维生素B族，维生素D，不饱和脂肪酸，核酸，叶酸，二十八烷醇，钙、铁、锌、硒等10余种矿物质，高维生素E，高蛋白等。
三、主要食用功效不同
1、燕麦片
降血脂，降血糖，减肥。
2、小麦胚芽
是微量金属元素的供给源。
参考资料来源：百度百科-燕麦片
参考资料来源：百度百科-小麦胚芽粉