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本系的前身，为成立于1999年8月的乡土文化研究所（国立花莲师范学院），为国内高等教育机构中第二个以台湾史地为发展重点的研究所。2005年8月，因应师范学院改制为教育大学，与原社会科教育学系大学部史地组的师资、班级一并整合为乡土文化学系（含学士班、硕士班）；翌年（2006年）增设乡土文化暑期硕士专班。2008年8月，国立花莲教育大学与国立东华大学正式合并；隔年（2009年），原乡土文化暑期硕士专班改制为乡土文化学系硕士在职专班