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标志以学校前身创始人之一林纾的手迹作为标准字，传递百年历史积淀和文化底蕴。 标志主体图形构成人字造型，体现出以人为本的办学理念；造型又体现学校的土木、建筑、机电、电子电气等学科背景。 标志左右以线条进行组合，向中间汇聚，象征着学校两校合并，不断融合、发展、壮大；又构成台阶的图形，寓意学校不断前进，稳步向上发展；六个L线条汇聚也体现出学校以工为主多学科发展的特点

学校聚焦区域经济社会发展和技术创新需求，科技创新成效显著。2013年获国家技术发明奖二等奖一项，是迄今为止福建省新建本科院校唯一获得的最高奖项。 2016～2020年获省（部）级以上科研奖励（含）41项，其中教育部自然科学奖二等奖一项、福建省科技进步奖一等奖七项、福建省技术发明奖一等奖一项、教育部第七届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）三等奖两项、全国优秀古籍图书奖二等奖一项

福建自贸区知识产权研究中心，于2015年经福建省教育厅批准设立，是福建省高校人文社会科学研究基地，是福建工程学院下属研究机构。 福建工程学院提出并开展“福建自贸区知识产权研究中心”建设，是落实学校学科发展布局的重要举措之一。福建自贸区知识产权研究中心依托福建工程学院法学院长期以来较扎实的人才团队、条件资源和学术成果积累，围绕我省自贸区产品供应链知识产权保护领域等重要课题开展系统的研究和应用，为福建自贸区产品供应链知识产权合作保护提供支持