内政部为统筹并协调中央相关机关办理改制直辖市相关作业，于98年9月23日邀集各相关部会成立“县市改制直辖市中央筹划小组”，其任务为：（一）协调中央相关机关处理核定改制之直辖市、县（市）所提出改制相关疑义。（二）督导并协助核定改制之直辖市、县（市）办理相关机关（构）、学校，于改制后组织变更、业务调整、人员移拨、财产移转、自治法规之处理、改制后预算编制及执行等事项。（三）督导并协助核定改制直辖市之直辖市政府、县（市）政府，及各该议会办理各项改制作业事项。（四）统筹、协调其他有关改制直辖市相关事项。
“县市改制直辖市中央筹划小组”下设9个分组：
（二）组织调整分组：由内政部召集铨叙部、行政院人事行政局、行政院研究发展考核委员会组成。
（三）法规整备分组：由行政院法规委员会召集内政部、法务部组成。
（六）财产处理分组：由内政部召集财政部组成。
（七）业务功能调整分组：由行政院研究发展考核委员会召集内政部、行政院法规委员会及中央相关机关组成。
（八）人员权益保障分组：由行政院人事行政局召集铨叙部、内政部组成。
（九）资讯档案分组：由行政院研究发展考核委员会召集中央相关机关组成。各改制县（市）亦成立“改制作业小组”，办理各项改制事宜。
1.行政院法规委员会已于101年1月1日组织改造为“行政院法规会”。
2.行政院主计处已于101年2月6日组织改造为“行政院主计总处”。
3.行政院人事行政局已于101年2月6日组织改造为“行政院人事行政总处”。
4.行政院研究发展考核委员会已于103年1月22日组织改造为“国家发展委员会”