“新药开发研究中心”为民国107年01月01日起之教育部高等教育深耕计划第二部分特色领域研究中心计划，以本校坚强的分子生物学研究为基础，整合生物医学研究所、新药开发研究所、肿瘤医学研究中心及干细胞研究中心在新药及细胞治疗的研究动能而组成，主要目标是对于困难的疾病，探讨致病之分子机制及讯息途径，找出可用的标靶并开发适合的药物，配合本校既有之十个完善核心平台及齐全的软硬件设备等支援，达到本校中长程之目标-“聚焦研究，解决重大医学难题”。本中心同时兼具研究、教学及产学等功能。研究方面则将整合本校之药物研发研究领域最顶尖的学者组成研究团队，带动本校生物科技与医药发展，以期能在新药开发领域研发能量与科技水准领先群伦。教学方面将培养学生扎实的专业学科能力，充实生物制药相关知识；并以现代分子细胞生物技术为基础，结合生技制药产业之发展重点，栽培未来新药开发的高阶专业人才。在产学方面，本中心杰出的研发成果，包括专利及人才，移转入社会的产业链，带动国家生技产业的发展。
新药开发研究中心之目标为“找寻药物标靶、进行新药开发、强化专利布局及连结产业技转”，与本校之中长程目标：目标三、促进多元发展、培育高阶人才；目标四、聚焦研究，解决重大医学难题；目标六、建立国际一流中、西医学中心；目标七、深耕产官学研合作，建构生医园区，相互呼应。
研究面：以中医大分子医学中心、肿瘤医学中心、整合干细胞中心等校级研究中心长期在相关领域的耕耘及现有杰出成果之经验为根基，以各类新药相关之学术领域为范畴。引领中医大成为世界新药开发研究之重镇。
教学面：配合高教深耕计划，训练博士生及博士后学者，从做中学，一对一之教学，以务实研发导向之培育模式，引导产业精神。
产业面：锁定未满足的医疗需求，进行分子医学及新药开发之研究。推动包括小分子药物、抗体药物、核甘酸药物及结合奈米科技药物释放等尖端医学技术。在细胞治疗方面，建置完善的品管平台，完成两个 II~III 期临床试验。计划结束前，每个群组需完成专利申请，推动技转，进行产学合作及衍生新创公司。
社会面：借由强化疾病致病机转之基础研究、转译医学及临床应用及推动新药研发之现代化与科学化，以培育新药研发人才，改善国内生技产业就业问题，并解决未满足的医疗需求，以增进人民健康及促进社会福祉。