依国家科学及技术委员会处务规程第七条，自然科学及永续研究发展处掌理事项如下：
一、数学、物理、化学、地球科学与永续研究发展策略之策划、推动、辅导及协调。
二、数学、物理、化学、地球科学与永续研究申请案件之审核、补助及考核。
三、数学、物理、化学、地球科学与永续研究人才之培育、延揽及奖助。
四、数学、物理、化学、地球科学与永续研究环境之建置及提升。
五、数学、物理、化学、地球科学与永续研究跨领域及跨部会相关研究之策划、推动、审核及 考评。
六、自然科学创新、尖端与优势领域之策划、推动、审核及考评。
七、数学、物理、化学、地球科学与永续研究成果之推广及应用，产学合作计划之审核、补助 及考核。
八、数学、物理、化学、地球科学与永续研究相关业务资料之搜集、统计及建档。
九、自然科学与永续研究发展相关产业前瞻技术研发政策之规划、推动、管理及技术评估。
十、其他有关自然科学及永续研究发展事项。